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甄莹博士

     Ying Zhen, Ph. D. 

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      一、个人简介

甄莹,2003年毕业于北京大学,获得生命科学学士学位;2009年在美国堪萨斯州立大学获得生物学博士学位;2010-2014年在美国普林斯顿大学生态与进化系从事博士后研究;2014年起在美国加州大学洛杉矶分校生态与进化系以及环境与可持续发展研究所做博士后,2016年晋升为Assistant Project Scientist,于2018年底全职加入西湖大学生命科学学院 。


二、学术成果

演化生物学和生态学对生命世界丰富的多样性提供因果解释,帮助理解生命的历史、深化对生物多样性起源与发展规律的认识。它在基础研究领域的重要性不言而喻,正如T. Dobzhansky所说,Nothing in biology makes sense except in the light of evolution。近年来,基因组大数据的迅速发展和普及,给传统的演化学和生态学带来了前所未有的机遇。科学家已经获得了大量模式物种的全基因组序列,对各种非模式生物基因组的研究方法也有了长足的进步,能够快速获得较以前多成千上万倍的基因组信息,使演化基因组学和生态基因组学成为目前基因组学中最为活跃的交叉方向之一。

甄莹博士主要从事演化基因组生态基因组方面的研究,以探索适应性演化的分子遗传机制为研究核心,结合各种基因组学大数据和分子遗传试验,在不同的模式和非模式生物体系中研究适应性演化的分子机制。这包括:1)通过解析多种食草性昆虫对心脏干扰素的毒素耐受性的遗传机制来理解演化的可预测性,该研究成果发表在Science上,是首次将基因组大数据的方法应用到如此大量非模式生物的研究中,在短期内被多个高水平综述杂志大篇幅引用。2)用深度种群基因组学方法研究非洲热带雨林区域物种的基因组的多样性以及适应性演化,该结果正在被研究人员用以更好地规划和保护该区域现有的生物多样性。3)采用生态与演化基因组学方法进行植物抗冻多样性研究,该结果第一次系统性的揭示了植物的自然抗冻多样性,对此研究领域有开创性的重要影响。

这些基础研究帮助我们了解丰富多彩的自然界,不仅有重要的生态学演化学意义,而且对优化生态保护修复、新药及杀虫剂的开发提供理论基础。目前课题组通过湿(实验)干(大数据挖掘)结合、模式生物与非模式生物结合的方法,深入解答生态演化学上的一系列经典问题。包括但不限定于以下几个方面:

1、利用趋同演化体系更深入的研究适应性演化机制及其限制因素

2、了解不同生态环境下自然种群生物多样性发生规律及适应性演化机制

3、通过对基因家族分子演化史的研究来理解基因复制和新功能的演化


三、代表论文

1. Bridgett M. vonHoldt, Rebecca Y. Kartzinel, Christian D. Huber, Vinh Le Underwood, Ying Zhen, Kristen Ruegg, Kirk E. Lohmueller & Thomas B. Smith. Growth factor gene IGF1 is associated with bill size in the black-bellied seedcracker Pyrenestes ostrinus. Nature communications (2018) 9 (1), 4855

2. Ying Zhen*, Ryan J. Harrigan, Kristen Ruegg, Eric C. Anderson, Thomas C. Ng, Sirena Lao, Kirk E. Lohmueller, and Thomas B. Smith. Genomic divergence across ecological gradients in the Central African rainforest songbird (Andropadus virens). Molecular Ecology (2017). 26, 4966–4977. *corresponding author

3. Kyle J. McCulloch, Furong Yuan, Ying Zhen, Matthew L. Aardema, Gilbert Smith, Jorge Llorente-Bousquets, Peter Andolfatto and Adriana D. Briscoe. Sexual Dimorphism and Retinal Mosaic Diversification Following the Evolution of a Violet Receptor in Butterflies. Molecular Biology and Evolution (2017). Vol. 34, Issue 9, pp 2271–2284

4. Ying Zhen, Matthew L Aardema, Edgar M Medina, Molly Schumer, Peter Andolfatto. Parallel molecular evolution in an herbivore community. Science (2012), 337:1634-7.

5. Ying Zhen and Peter Andolfatto. Methods to detect selection on non-coding DNA. Chapter 6, Evolutionary Genomics: statistical and computational methods, Volume 2, Methods in Molecular Biology (2012), vol. 856.(1).

6. Matthew L. Aardema, Ying Zhen, Peter Andolfatto. The evolution of cardenolide-resistant forms of Na+,K+-ATPase in Danainae butterflies. Molecular Ecology (2012), 21(2): 340-9.

7. Ying Zhen*, Preeti Dhakal and Mark C. Ungerer. Fitness benefits and costs of cold acclimation in Arabidopsis thaliana. American Naturalist (2011), Vol. 178, No. 1, pp. 44-52. *corresponding author

8. Takeshi Kawakami, Suzanne C. Strakosh,Ying Zhen, and Mark C. Ungerer. Different scales of Ty1/copia-like retrotransposon proliferation in the genomes of three diploid hybrid sunflower species. Heredity (2010), 104: 341-350.

9. Ying Zhen, Mark C Ungerer. Relaxed selection on the CBF/DREB1 regulatory genes and reduced freezing tolerance in the southern range of Arabidopsis thaliana. Molecular Biology and Evolution (2008), 25(12):2547-55. 

10. Ying Zhen, Mark C Ungerer. Clinal variation in freezing tolerance among natural accessions of Arabidopsis thaliana. New Phytologist (2008) 177 (2), 419–427.

11. Fei He, D Kang, Y Ren, Li-Jia Qu, Ying Zhen and Hongya Gu. Genetic diversity of the natural populations of Arabidopsis thaliana in China. Heredity (2007) 99, 423–431

12. Mark C Ungerer, Suzanne C Strakosh, Ying Zhen. Genome expansion in three hybrid sunflower species is associated with retrotransposon proliferation. Current Biology (2006), 16 (20): R872-R873.


四、联系方式

电子邮箱:zhenying@westlake.edu.cn

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